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海洋においては、サンゴ礁など沿岸域に多くの生物が生息することが知られている。低温高圧の厳環境下にある深海は、静的な世界と考えられがちだが、実際は外洋深海の生物多様性も高い。ある分類群の動物プランクトンの多様性は水深1,000-1,500（上部漸深層）で最大になり、漂泳性（海中を漂う遊泳）魚類の種多様性も同じ水深域で最大になると考えられている[11]。中生代白亜紀に海洋無酸素事変が起き、深海の生物の多くが絶滅したと考えられるため、現在の深海生物の大多数は新生代以降に進出してきたとされている。
海洋での水平方向の生物多様性の分布は、北半球では緯度に依存し、一般には極域ほど多様性が低く赤道帯ほど高い。しかしながらプランクトンに限定した場合は、北緯15-40°C度の間で最も多様性を示す（最大は北緯20°Cあたり）。北極海は歴史が浅いために、他の北半球の海より多様性が低い。南半球では緯度による多様性の違いはない